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국세청은 현금영수증제도 시행에 따라 사업자들의 세 부담이 급증하지 않도록 다양한 혜택이 주어진다고 밝혔다. 우선 개인사업자가 현금영수증 가맹점에 가입하여 현금영수증을 발급할 경우 신용카드 발급금액과 합산한 금액의 1%를 연간 500만원 한도 내에서 부가가치세 세액공제 받을 수 있다.

특히, 음식·숙박업을 영위하는 간이과세자의 경우에는 발급금액의 1.5%를 세액공제 받는다. 또한, 현금영수증 가맹점의 매출액이 전년보다 30% 초과하여 늘어나면 매출액의 일정비율을 부가가치세·소득세·법인세에서 감면해주고, 간편 장부대상자인 경우에는 기장 세액 공제율이 10%에서 20%로 높게 적용되며, 명백한 탈루혐의가 없는 한 세무조사도 면제받는다.

그밖에 현금영수증은 신용카드와 달리 발급 수수료도 없으며, 현금영수증발급장치를 기존 신용카드 단말기에 무료로 설치해 주는 등 현금영수증 가맹 및 발급에 따른 부담을 최소화하고 있다.

한편, 사업자가 사업과 관련한 지출증빙으로 현금영수증을 발급받은 경우 소득세법 및 법인세법상 필요경비로 인정받을 수 있으며, 부가가치세 매입세액공제 증빙으로도 인정된다.