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정부는 177개 기관이 지방에 이전됨에 따라 현재 총리실에 설치된 '정부대책반'을 강화해 부처별 추진사항을 점검하고 조정하도록 하는 등 공공기관 지방이전 정책관리 체계를 구축하고 주요 정책사항은 총리주재 관계장관회의 등에서 결정키로 했다.

혁신도시입지선정지침 등 기준을 제정하고 입지 선정 등에 관한 사항은 국가균형발전위원회 심의를 거쳐 확정할 계획이다.

또 실무추진을 위해 공공기관이전 업무를 총괄하고 혁신도시건설 업무를 효율적으로 추진하기 위해 건설교통부에 '공공기관지방이전 및 혁신도시건설추진단'을 설치키로 하는 한편 각 부처별 및 지자체별로 공공기관 지방이전 지원단을 운영해 소관 기관의 원활한 이전을 지원키로 했다.

이와 함께 오는 9월말까지 입지를 최종 선정한 뒤 이전기관과 각 시·도, 주무부처 등 3자간의 이전이행협약을 체결하고 이에 따라 이전을 추진할 계획이다. 이전이행협약에는 이전 시기와 이전지역 및 이전을 위한 각종 지원사항 등이 담긴다.

이에 앞서 지난 5월27일에 중앙정부와 시도는 '정부가 마련한 배치방안을 모든 시·도가 이의 없이 수용하기로 합의한다'는 내용의 기본협약을 체결한 바 있다.

개별 기관들의 구체적 이전시기는 이전 협약의 내용에 따라 다르지만 올해 말부터 환경영향평가에 들어가는 등 각종 인·허가 작업이 진행된다.

내년 말부터는 용지보상과 사옥 설계가 이뤄지며 2- 3년 간의 건축공사를 거쳐 이주가 본격화된다. 정부는 2012년까지 이전을 완료한다는 방침이지만 대한주택공사와 한국토지공사, 한국도로공사 등 건설교통부 산하기관은 공공기관 이전을 선도한다는 차원에서 2010년까지 조기 이전된다.