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배아기 말(8주)까지 내부기관이 만들어지고 길이는 약 2.5cm이며 인간의 외양을 갖춘다. 특히 신체기관의 형성시기이므로 발달에서 가장 중요한 시기라고 할 수 있다. 알코올, 약물 같은 독성물질과 병원균은 태반막을 통과할수 있고 태아의 발달을 저지시켜 심한 선천성기형을 유발할 가능성이 있다.

이런 독성물질들을 기형유발인자라고 하며 방사선 노출이나 알코올은 유력한 기형유발인자로 태아알코올 증후군이 있으며 안면기형을 야기하는 알코올은 신경과 정신발달을 저해한다. 신경안정제인 탈리도마이드는 기형을 유발시키는 약물로 팔, 다리 대신 지느러미 등의 부속기관 생성가능성이 있는 약물로 기형유발인자에 대해 배아는 매우 민감하기 때문에 태아를 보호하기 위해 매우 주의가 필요하다.

태아기는 임신 9주에서부터 출산할 때까지 가리키며 이 시기는 1차적으로 성장과 성숙의 시기로 새로운 부분이 나타나고 만들어지는 것은 아주 소수이다. 신체의 비율은 지속적으로 변화하며 예로 8주에는 머리가 거의 몸체만 하며 출산시에는 균형잡힌 머리가 된다. 일차신경계는 3주부터 형성이 시작되며 심장과 혈관은 2주부터 형성되기 시작하며 심장은 2개월쯤에 배아의 모든 기관에 혈액을 펌프질하며 심장박동은 태아의 성이 결정되는 시기인 3개월쯤에 감지될 수 있다.

정소가 분화되면 남성호르몬인 테스토스테론을 생산하고 남성의 외생식기 성장을 자극하고 테스토스테론이 없으면 여성생식기가 형성된다. 모체는 5개월쯤에 태아의 움직임을 감지하는데 이를 태동이라고 하고 피부는 솜털이라고 하는 미세하고 푹신푹신한 털로 덮이게 된다. 솜털은 태아기름막(태지)이라 불리는 하얀치즈같은 물질에 의해 뒤덮이며 태아기름막은 약한 태아의 피부를 양수로부터 보호하기 위한 것이다.

5개월째부터 태아는 자리에 꽉 차며 위치도 앞으로 구부리게 되며 마지막 2개월동안 태아의 피하조직에 지방이 축적되어 급격하게 체중이 증가한다. 출산일에 임박하여 머리가 자궁목을 향하게 회전하며 38주 말쯤에 태아는 만삭이 된다. 태아의 체중은 3.4kg까지 증가하며 신장도 53cm까지 자라고 이제 세상과 직면할 준비가 된다.

때때로 배아 또는 태아는 일찍 태어나기도 하는데 유산은 임신기간중에 발달 20주전 배아나 태아가 사망한 것이며 자연유산은 인위적인 조치없이 자연적으로 발생하며 대부분 태아의 기형에 의해 유발된다. 인공임신중절은 인공적이거나 기계적인 수단에 의해 고의로 일으키는 유산, 원치않는 임신이 인공임신중절의 일발적인 원인이 된다.

치료적 유산은 모체를 위한 치료의 형태로 의사에 의해 수행되며 모체의 생명을 위협하는 임신시에 모체의 생명을 살리거나 모체의 의학적인 상태를 향상시키기 위해 유산을 시행한다. 38주 이전에 태어나지만 자궁밖의 환경에서 살수있는 능력을 가진 아이를 조산아라고 하며 20주 된 태아는 생존이 가능하나 미숙하여 의학적인 지지가 필요하다.

특히 시상하부가 너무 미숙해서 체온을 잘 조절할 수 없고 태아의 폐에서 생산되는 계면활성제는 호흡을 유지하기에는 불충분하여 과도한 호흡곤란으로 치명적일수도 있다.