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15년 이상 된 중소기업을 부모로부터 물려받을 경우 상속세가 크게 줄어들 것으로 보인다.

가업상속공제 한도를 현행 1억원에서 최대 30억원까지 공제가 가능하도록 세법개정이 추진되기 때문이다.

또 그간 재계에서 요구해왔던 연구개발(R&D)비 지출에 대한 세제지원도 한층 강화된다.

정부가 22일 내놓은 ‘2007 세제개편안’은 특히 기업하기 좋은 환경을 조성하기 위해 가업상속 공제 확대 등 시장에서 지속적으로 제기된 요구를 반영했다.

우선 정부는 세제상 중소기업의 원활한 가업승계를 지원하기 위해 독일과 일본 등 외국사례를 검토해, 가업상속 기업을 명확히 하고 그 상속시 공제금액을 대폭 확대했다.

가업상속시 세제지원 대상이 되려면 현재는 부모가 5년 이상 기업을 운영하다가 상속개시일 2년 전부터 직접 가업에 종사한 만 18세 이상 자식에게 가업의 전부를 물려주면 됐다.

물론 유흥주점 등 특소세 과세대상 숙박 및 음식점업 등 몇몇 업종은 제외되며, 법인의 경우 피상속인이 최대주주로서 특수관계자 지분과 합해 50% 이상의 지분을 가지고 있어야 했다.

그러나 개정안은 피상속인의 사업영위기간을 5년에서 15년으로 연장하고, 조세특례제한법상 중소기업으로 지원대상을 명확히 했다.

또 최대주주 지분요건을 △상장기업 40% 초과 △비상장기업 50% 초과로 완화하고, 피상속인이 사업영위 기간중 80% 이상 대표이사여야 한다는 조항을 신설했다.

상속개시일 2년 전부터 직접 가업에 종사해야 한다는 규정은 유지하되, 다만 부득이한 사유가 있는 경우 예외를 인정해주기로 했다.

일단 세제지원 대상이 되면 세법개정안 내용에 따라 2억원 또는 가업상속재산가액의 20%(30억원 한도) 중 큰 금액을 적용할 수 있게 된다.

예를 들면 상속재산이 100억원이고 배우자가 있다면, 현재는 공제금액이 가업상속공제 1억원을 더해 11억원(일괄공제 5억, 배우자공제 5억 가정) 밖에 되지 않아 약 40억원을 상속세로 내야했다.

그러나 개정된 가업상속공제를 적용하면 20억원(100억×20%)을 가업상속공제로 받을 수 있어 총 30억까지 공제된다. 과표금액이 줄어들어 실제 내야하는 상속세는 30억원 가량으로 줄어, 결국 이 상속자는 10억원의 세부담을 더는 셈이 된다.

허용석 재정경제부 세제실장은 20일 가업상속공제와 관련해 “엄격히 대상을 선정해서 실효성 있게 적용하도록 노력했다”고 밝혔다.

정부는 이와 함께 상속세·증여세를 한꺼번에 내지않고 일정기간 분납해서 내도록 하는 연부연납제도를 개선해 상속인의 부담을 덜어주도록 했다.

개정안은 연부연납 신청기준금액을 1,000만원에서 2,000만원으로 상향조정하고, 연부연납기간도 5년으로 연장했다.

가업상속의 경우 예전엔 거치기간이 없었지만 개정안은 3년 거치후 최대 12년간 분납할 수 있도록 했으며, 납세자가 연부연납을 신청하면 세무서장은 의무적으로 이를 받아들이도록 했다.

한편 자녀가 30세 이상이라면 사전에 상속할 수 있도록 한 특례제도도 2010년까지 연장 운용되며, 대상 자녀도 18세 이상으로 폭이 넓어진다.

◆ 대기업 R&D 지출액 최대 6%까지 공제 확대

이번 세제개편안은 전국경제인연합회 등 재계에서 오래전부터 제기해온 R&D 지출에 대한 세제지원 확대 요구를 일정부분 수용했다.

대기업은 민간기업 R&D투자의 78.9%(’05년 기준 14조 6,429억)를 차지하고 있고 국가 전체 R&D투자(24조 1,554억)의 60.6%를 담당하고 있어, 정부는 세제개편을 통해 대기업의 R&D투자를 촉진하기 위해 공제범위를 확대하기로 한 것이다.

정부는 이에 따라 증가분 세액공제 방식[(당해연도 R&D지출액-직전 4년평균 R&D지출액)×40%]을 유지하되 매출액 대비 R&D지출비율이 지난해보다 증가한 경우로 매출액 대비 R&D지출비용이 높은 기업은 당기분 방식을 선택할 수 있도록 했다.

당기분 방식의 공제율은 3%를 기본으로 주고 나머지는 해당 기업의 R&D 노력분(매출대비 R&D지출비×0.5)에 따라 최대 3%까지 주기로 했다.

예를 들어, A기업의 매출액 대비 R&D지출 비율이 5%로 전년대비 감소하지 않았을 경우 세액공제율을 당기분 방식으로 계산하면, 기본 3%+(5%×0.5)=5.5%가 된다.

특히 벤처기업이나 제약회사 등 R&D지출 비율이 높은 업종이나 기업에게 더 큰 혜택이 될 것으로 보인다.

◆ 파트너십 과세제도 도입…인적회사 이중과세 해소될 듯

오늘날 기술과 자산, 사람과 사람의 결합이 활발하게 일어나고 있는 점을 감안, 이번 세제개편안에는 파트너십 과세제도가 포함됐다.

파트너십 과세제도란 2인 이상이 영리를 목적으로 공동사업을 영위하기 위해 설립한 것으로서 인적회사적 성격이 있는 단체(파트너십)에서 발생한 소득에 대해 파트너십 단계에서는 법인세를 과세하지 않고, 이를 구성하는 파트너에게 귀속시켜 파트너별로 과세하는 제도다.

적용대상은 상법상 인적회사인 합명·합자회사와 인적용역을 주로 제공하는 유한회사 등이다.

정부는 이 제도의 도입을 통해 인적회사 성격의 사업자에 대해 법인세와 소득세의 이중과세 문제를 해소함으로써 기업과세제도를 선진화하는 한편, 지식기반서비스업 등을 영위하는 인적회사의 발전 토대를 마련하기로 했다.

이 제도는 납세자·과세 관청 및 세무대리인 등 이해 관계자들이 새로운 제도에 적응할 수 있도록 최소 1년간 유예기간을 부여하고 2009년부터 시행에 들어갈 예정이다.

◆ 수익자산 대체 취득한 대학, 법인세 3년 거치 3년 분할 가능

대학이 수익용 자산으로 보유하고 있는 토지 및 건물을 양도하고 1년이내 대체자산을 취득하는 경우 법인세를 3년 거치 3년 분할로 익금산입할 수 있게 된다.

다만 주식, 채권 등 투자자산을 취득하는 경우엔 자산의 대체취득이 아닌 수익이 실현된 것으로 보아 과세이연에서 제외하기로 했다.

이 제도는 대학 재정확충을 지원하기 위해 내년 이후 최초로 개시하는

사업연도부터 3년간 한시적으로 운영된다.